Weil die spätgotische Kirche aus dem Jahre 1550 baufällig und zu klein wurde, drängte sich ein Neubau auf. Die heutige Pfarrkirche wurde am 12. November 1837 zu Ehren der Apostel Petrus und Paulus geweiht (Fest: 29. Juni). Eine grosse Umgestaltung erfuhr die Pfarrkirche in den 70er Jahren: die beiden Seitenaltäre wurden entfernt; auf der linken Seite wurde das Altarretabel aus der ehemaligen Kapelle Bad Bonn aufgestellt (entstanden im Jahre 1640). Anstelle des rechten Seitenalters schuf der Freiburger Künstler Antoine Claraz 1976 das Dreifaltigkeitsrelief mit einem Schöpfungszyklus. Im gleichen Stil schuf Claraz den Zelebrationsaltar mit zwei Altarleuchtern, das Prozessionskreuz, den Leuchter für die Osterkerze, den Deckel des Taufsteines, einen Ambo und den Bibel-Ambo. Am 14. November 1993 konnte die neue Orgel mit 32 Registern eingeweiht werden. Eine gelungene Innenrenovation fand im Jahre 1999 statt. Zur Geschichte der Pfarrei, der Pfarrkirche und der Kapellen finden sich interessante Angaben in den beiden Werken von Alfons Brügger: "Pfarrkirche und Kapellen der Pfarrei Düdingen" (1987) und "Geschichte und Geschichten der Pfarrei Düdingen" (2002), welche im Pfarramtsekretariat zu beziehen sind.